W pewnym starym, wiktoriańskim domu mieszka młoda dziewczynka Koralina. Pewnego dnia, w czasie zwiedzania nowego domu, odkrywa, że jej mieszkanie ma 14 drzwi. 13 z nich otwiera się bez problemu i prowadzi do rzeczywistych miejsc w domu. Czternaste znajdują się w odległym kącie pracowni i są zamknięte.
Okazuje się, że drzwi wiodą do ciemnego przejścia, a stąd do niespokojnego miejsca spowitego mgłą, zamieszkałego przez alternatywną wersję jej sąsiadów i rodziców. Rodzice – jej druga mama i drugi tata – chcą, by została z nimi. Zapewniają ją, że będzie kochana bardziej niż w rzeczywistości, że jedzenie będzie o wiele lepsze niż w rzeczywistym świecie. I wszystko jest początkowo lepsze, aż do chwili, gdy jej druga mama chce zatrzymać Koralinę na zawsze, używając do tego magii i przemocy...
Koralina musi stawić czoło własnemu strachowi, uwolnić rodziców i dusze trzech martwych dzieci. Na szczęście znajduje pomocnika – czarnego kota!